Доктор Вили, потерпев фиаско в первой серии борьбы с Мегаменом, решил отомстить храброму воину. И вот уже на Мегамена летит, бежит и ползет куча роботов-врагов. А вы, управляя Мегаменом, будете от них обороняться всеми доступными средствами. А в конце игры придете прямо в крепость к светилу мировой науки.